De preekstoel, die uit 1610 dateert, is met ebbenhout ingelegd. De trap is uit 1737, gemaakt in rococostijl door de Enkhuizer houtbewerker Pieter de Nicolo. Hij wordt ook genoemd als de maker van de palissanderhouten kansel in de Lutherse kerk aan de Breedstraat en van de ‘vleugels’ van het orgel in de Zuiderkerk. Achter het achterschot van de kansel bevindt zich nog een restant van een muurschildering. Welke heilige daar is afgebeeld is niet bekend. Eerst veronderstelde men dat het Sint Olaf zou zijn, maar daaraan wordt nu toch sterk getwijfeld.

De dooptuin

De zogenaamde ‘dooptuin’ wordt omgeven door een doophek dat uit de 17e eeuw stamt. Het wordt gesierd door zeven koperen blakers, twee kandelaars en een lezenaar. Rechts voor de dooptuin staan de Paaskaars en een doopvont. De doopvont is gemaakt in 1958 door de Egmonder houtsnijkunstenaar Cor Wijker (1890-1969) voor de toenmalige Gereformeerde Ontmoetingskerk in Enkhuizen. De doopvont is in de Zuiderkerk geplaatst in 2012 toen de Gereformeerde Kerk en de Hervormde gemeente van Enkhuizen fuseerden tot de Protestantse Gemeente en de gefuseerde gemeente in de Zuiderkerk trok.

De banken

De kerkbanken zijn dikwijls fraai besneden; zij stammen uit de 17e en 18e eeuw. Er zijn banken met gotische briefpanelen in het ruggeschot; er is een weeshuisbank met een klapleuning, er zijn herenbanken met getoogde panelen, een predikanten- en een kerkmeestersbank.